- 作品以全国编号649的钢虫神(ゲノセクト)为主题。钢虫神是钢系和虫系的口袋妖怪,曾是三亿年前的最强猎手,其化石被等离子团发现后复活再改造而成,同时也变得更加强大,被等离子团的人称为史上最强口袋妖怪。在剧场版动画中,除了可以见到通常的紫色钢虫神以外,还可以见到一只独特的红色钢虫神,具有更强的高速飞行能力。
- 小智和同伴们遇到了街头表演明星少女广美。广美是“水之民”的末裔,她能和水中的口袋怪兽交流。小智他们从广美那里听说,大海里有一座由水之民建造的“海之神殿”,里面藏着稀世珍宝“海之王冠”。这时,传说中的口袋怪兽援助员杰克突然出现,他肩负着将一枚名为苍海王子的蛋送往海之神殿的任务,小智和朋友们加入了杰克的队伍,帮助他完成任务…